Việc kế thừa hoàng vị của triều Nguyên và đế quốc Mông Cổ khác biệt với các vương triều trước của Trung Quốc, chọn thực thi chế độ tiến cử qua đại hội Khuruldai, do vương thất quý tộc cùng bầu ra lãnh tụ. Các hoàng đế của triều Nguyên cũng kiêm nhiệm chức vụ khả hãn của đế quốc Mông Cổ, do hãn vị của Nguyên Thế Tố không được thừa nhận qua đại hội Khuruldai, khiến bốn hãn quốc lớn không phục, đến thời Nguyên Thành Tông mới khôi phục quan hệ tông chủ. Sau khi Nguyên Thế Tổ kiến lập triều Nguyên, có ý lập Chân Kim làm thái tử, định lập cấu trúc cha truyền con nối, tuy nhiên do Chân Kim mất sớm nên vấn đề kế thừa lại nổi lên. Triều Nguyên sau đó thường vì hoàng thái tử mất sớm hoặc huynh đệ tranh vị mà hỗn loạn bất an, trung kỳ còn có hiệp định Vũ-Nhân chi ước mà theo đó hệ của Vũ Tông và hệ của Nhân Tông sẽ luân phiên kế thừa hoàng vị, tuy nhiên do Nguyên Nhân Tông phế trừ hiệp định nên tình hình lại hỗn loạn. Vấn đề kế thừa của triều Nguyên đến thời Nguyên Huệ Tông mới ổn định, song đã tiếp vào mạt kỳ của triều đại[29].

Chế độ chính trị của triều Nguyên và của triều Kim đều thừa tập chế độ của triều Tống, chọn thi hành chế độ văn võ phân quyền, lấy Trung thư tỉnh tổng quản chính vụ, Xu mật viện quản lý binh quyền. Tuy nhiên, Trung thư tỉnh của triều Nguyên đã trở thành cơ quan hành chính tối ao trung ương, Nguyên không đặt Môn hạ tỉnh, Thượng thư tỉnh khi đặt khi không, chỉ có thời Thế Tổ và Vũ Tông là đặt, do vậy quyền lực của Mông hạ tỉnh và Thượng thư tỉnh đều giao cho Trung thư tỉnh[26].

Trung thư lỉnh quản lý Lục bộ, chủ trì chính vụ toàn quốc, hình thành tiên phong cho chế độ nội các Minh-Thanh. Cơ cấu tổ chức này kế thừa thể chế Nam Tống, cách xưng hô với tể tướng cò Trung thư lệnh, Ty thống soái bá quan và tổng lý chính vụ. thường để hoàng thái tử kiêm nhiệm. Bên dưới phân thành tả-hữu thừa tướng, nếu thiếu Trung thư lệnh thì tổng lĩnh sự vụ Trung thư tỉnh. Bình chương chính sự cũng đứng thứ hai, phàm là trọng sự của quân đội và quốc gia thì không thể không tham gia quyết định. Phó tướng có tả hữu thừa, tham chính. Lục bộ tổng cộng có Lại bộ, Hộ bộ, Lễ bộ, Binh bộ, Hình bộ và Công bộ, trong có Thượng thư, Thị lang. Thượng thư tỉnh chủ yếu phụ trách sự vụ tài chính, song lúc đặt lúc phế[26].　

Xu mật viện quản lý quân sự, ngự sử đài phụ trách đốc sát, đại thể tương đồng với chế độ triều Tống, tuy nhiên tại địa phương đặt Hành trung thư tỉnh, Hành xu mật viện và Hành ngự sử đài. Ngoài ra, còn có Tập hiền viện quản lý giáo dục, Tuyên huy viện quản lý ngự thiện, Thông chính viện quản lý dịch trạm, ngoài ra còn có Thái thường lễ nghi viện, Thái sử viện, Thái y viện và Tương tác viện, bỏ cửu tự chư giám của các triều đại trước. Cuối cùng, thành lập mới có Tuyên chính viện (ban đầu là Tổng chế viện), phụ trách Phật giáo và sự vụ quân chính của khu vực Thổ Phồn, là cơ quan không có trước đây[26].

Xúc tiến Hán pháp và bài xích Hán pháp

Triều Nguyên giữa việc xúc tiến chế độ phép tắc của người Hán và duy trì luật cũ của Mông Cổ thường phát sinh xung đột, và phân liệt thành phái thủ cựu và phái sùng Hán. Ngay từ sau khi Thành Cát Tư Hãn công chiếm Hán địa, người Mông Cổ dựa vào Da Luật Sở Tài và Mộc Hoa Lê xúc tiến Hán pháp để duy trì chế độ phép tắc của người Hán. Đương thời, cận thần Biệt Điệt kiến nghị trục xuất người Hán đồng thời biến Trung Nguyên thành đại mục trường để thu lấy của cải, song bị Da Luật Sở Tài phản đối, ông nhận định có thể dùng phương thức trưng thu thuế để có được của cải, do đó bảo lưu chế độ phép tắc của Hán địa. Ông tích cực cải biến tác phong tàn sát toàn thành nếu kháng cự khi bị công chiếm của quân Mông Cổ, nỗ lực đề xướng Nho học, chỉnh đốn lại trị, là người sáng lập xúc tiến Hán pháp thời Nguyên[30]. Nhằm thuận lợi trong quản lý Hán địa, Mộc Hoa Lê hợp tác với tứ đại thế hầu Hán tộc, dần củng cố quản lý với các nơi như Hà Bắc, Sơn Tây[31].

Sau này, Hốt Tất Liệt khi quản lý Hán địa tích cực xúc tiến Hán pháp, sử dụng lượng lớn phụ tá và Nho sĩ người Hán lập ra chế độ phép tắc, như Lưu Bỉnh Trung, Hứa Hành hay Diêu Xu, đồng thời đề xuất chủ trương "hành Hán pháp", tích cực thúc đẩy trào lưu học tập Hán văn. Hốt Tất Liệt rất quen thuộc điển tịch và chế độ lễ nghi Hán văn, đồng thời có thể dùng Hán văn sáng tác thi ca, cũng như làm hình thức quy định pháp luật, Thái tử cần phải học tập Hán văn. Tiếp thu đề nghị xưng hiệu "Nho giáo đại tông sư" của nho sĩ Nguyên Hảo Vấn và Trương Đức Huy. Hốt Tất Liệt tại Đại Đô kiến nguyên xưng đế, lập ra triều Nguyên theo khuôn mẫu Trung Quốc, lập một số thể chế chính trị theo mô hình trung ương tập quyền truyền thống Trung Quốc, như Tam tỉnh lục bộ hay Ty nông ty, sử dụng cơ cấu thống trị của Trung Nguyên để thống trị nhân dân, sử dụng Lưu Bỉnh Trung và những người khác quy hoạch kiến lập thủ đô Đại Dô. Tuy nhiên, sau phản loạn Lý Thản thì Nguyên Thế Tổ dần không sử dụng người Hán. Do bốn hãn quốc lớn và phải thủ cựu vương thất Mông Cổ đều bất mãn trước việc Nguyên Thế Thổ thi hành Hán pháp nên làm phản hoặc xa cách. Nguyên Thế Tổ trong những năm cuối dần lãnh đạm với Nho thần, sử dụng phái lý tài gồm người Sắc Mục và người Hán như A Hợp Mã, Lô Thế Vinh và Tang Ca, Hán pháp cuối cùng chưa thành một bộ thể chế hoàn chỉnh. Sau này, Nguyên Nhân Tông, Nguyên Anh Tông, Nguyên Văn Tông và Nguyên Huệ Tông càng có thể thuần thục vận dụng Hán văn tiến hành sáng tác. Một số quý tộc Mông Cổ nhập cư Trung Nguyên ái mộ văn hóa Hán, còn thỉnh Nho sinh đến nhà giáo dục cho con. Trên phương diện học tập còn phiên dịch nhièu điển tịch Hán văn, như "Thông giám tiết yếu", "Luận ngữ", "Mạnh tử", "Đại học", "Trung dung", "Chu lễ", "Xuân thu", "Hiếu kinh". Tuy nhiên, phái sùng Hán và phái thủ cựu thường phát sinh xung đột và chính biến, như Nam Pha chi biến[31].

Chế độ tuyển tài

Trên phương diện tuyển dụng nhân tài, triều Nguyên thời gian đầu cực kỳ ít cử hành khoa cử, do đó quan viên cao cấp được tuyển dụng theo quan hệ xa gần với triều đình Nguyên mà quyết định, chủ yếu theo phương thức thế tập, ân ấm, tuyển cử. Ngoài ra, còn có phương thức tư lại thăng tiến thành quan liêu, khác biệt lớn với chế độ triều Tống. Triều Tống có giới hạn rõ giữa quan và lại, tư lại đại đa số cuối cùng vẫn là tư lại, tuy nhiên truêù Nguyên do thiếu khoa cử chọn người tài, nên sử dụng phương thức tuyển cử hoặc khảo thí tư lại để thăng làm quan, điều này phá bỏ vách ngăn quan lại, khiến quan lại trở thành quan hệ trên dưới. Trên phương diện khoa cử tuyển tài, Oa Khoát Đài nghe theo kiến nghị của Da Luật Sở Tài, triệu tập danh Nho giảng kinh tại Đông cung, đưa con em đại thần đến nghe giảng. Ngoài ra còn đặt "Biên tu sở" tại Yên Kinh, "Kinh tịch sở" tại Bình Dương, xúc tiến học tập văn hóa cổ đại Hán tộc. Năm 1234 đặt "Kinh thư quốc tử học", cho Phùng Chí Thường làm tổng giáo tập, lệnh 18 người là con em thị thần nhập học, học tập văn hóa Hán. Năm 1238, Thuật Hốt Đức và Lưu Trung cử hành Mậu Tuất tuyển thí, lần khoa cử đầu tiên này chọn được 4.030 người, đồng thời lập nho hộ nhằm bảo hộ sĩ đại phu. Tuy nhiên, cuối cùng triều đình phế trừ khoa cử, chuyển về chế độ tuyển cử, về sau hai lần tổ chức vào năm 1252 và 1276, tổng cộng tuyển 1890 Nho hộ. Sau khi Nguyên Thế Tổ tức vị, chính thức thiết lập Quốc tử học, cho Hứa Hành làm Tập hiền đại học sĩ kiêm Quốc tử tế tửu, chọn con em Mông Cổ vào học, học văn sử kinh điển Nho gia, bồi dưỡng nhân tài thống trị. Năm 1289, Nguyên Thế Tổ hạ chiếu phân đẳng cấp hộ tịch nhân khẩu Giang Nam, năm sau chính thức thi hành chế độ tuyển cử, đẳng cấp lần này trở thành căn cứ hộ kế về sau[32]. Đến năm 1313, Nguyên Nhân Tông vốn đề xướng Hán hóa đã hạ chiếu khôi phục khoa cử, tháng 8 năm 1314 cử hành hương thí tại 17 khảo trường trên toàn quốc, tháng hai và tháng 3 năm 1315 lần lượt cử hành hội thí và điện thí tại Đại Đô, do cử hành vào thời gian niên hiệu Diên Hựu, nên sử xưng "Diên Hựu phục khoa". Lần khoa cử này lấy Trình-Chu lý học làm nội dung khảo thí. Triều Nguyên trước sau tổng cộng cử hành 16 lần khoa cử, tuyển chọn khoảng hơn 1.100 tiến sĩ người Mông Cổ, Sắc Mục, Hán nhân, Nam nhân. Tuy nhiên, nhằm bảo vệ người Mông Cổ và người Sắc Mộc, khảo thí rất khó với người Hán, và nhóm này chỉ có thể giành được một nửa hạn ngạch, điều này khiến con em Mông Cổ và Sắc Mục mất tính tích cực học tập văn hóa Hán tộc và tinh thần tiến thủ. Khi triều Nguyên diệt vong, trong số xả thân tuẫn quốc có rất nhiều người xuất thân từ khoa cử, có thể thầy phục hồi khoa cử đối với sĩ đại phu Hán tộc Hoài-Nhu có hiệu quả nhất định.[31]